جامعہ مرکز شعبہ بنین اور شعبہ بنات کے علاوہ جامعہ  کی کل بارہ شاخیں ہیں، جن میں سن 1441ھ(2019ء) کے مطابق تقریباً 12,726 طلباء وطالبات زیر تعلیم ہیں، ان شاخوں میں پڑھانے والے معلمین و معلمات کی تعداد  412  ہے، جب کہ دیگر عملہ کی تعداد  245  ہے۔ شاخوں کے نام یہ ہیں:

1. مدرسہ تعلیم الاسلام ،گلشن عمر، سہراب گوٹھ، کراچی ، 1975ء     
2. مدرسہ عربیہ اسلامیہ، غازی ٹاؤن، ملیر، کراچی، 1985ء 
3. مدرسہ عربیہ اسلامیہ ،چلیا ، ٹھٹھہ، سندھ، 1988ء 
4. مدرسہ خلفاء راشدین، پرانا گولیمار، کراچی، 1990ء
5. مدرسہ رحمانیہ، بلال کالونی ،ملز ایریا، کراچی، 1991ء     
6. مدرسہ رشیدیہ، پی آئی بی کالونی، کراچی، 1996ء 
7. مدرسہ حفصہ(بنات)، شاہ فیصل کالونی، کراچی، 1996ء
8. مدرسہ بدرالعلوم، شاہ نواز بھٹو کالونی، کراچی، 1997ء 
9. مدرسہ تعلیم القرآن، ولی محمد گوٹھ ملیر، کراچی، 1997ء     
10. مدرسہ دارالعلوم عثمانیہ ،بہار کالونی، کراچی، 1999ء     
11. مدرسہ تعلیم الاسلام، نزد اسلامیہ کالج، کراچی، 2000ء 
12. مدرسہ آمنہ (بنات)، کوئٹہ ٹاؤن، کراچی، 2018ء