محرم الحرام 1374ھ مطابق 1954ء میں محدث العصر حضرت مولانا سید محمد یوسف بنوری رحمہ اللہ نے اس جامعہ کی بنیاد "علامہ بنوری ٹاؤن" (سابق نیو ٹاؤن) کراچی کی جامع مسجد میں اللہ تعالیٰ پر توکل کرتے ہوئے رکھی۔ اُس وقت جامعہ کی نہ تو کوئی عمارت تھی اور نہ ہی سردست اس کے اسباب و وسائل مہیا تھے، جامعہ کی موجودہ عمارتوں کی جگہ کانٹے دار جھاڑیوں، گڑھوں اور پتھروں سے بھری ہوئی تھی، طلبہ مسجد ہی میں پڑھتے تھے اور وہیں رہتے تھے، رہائش کے لیے نہ کوئی کمرہ تھا، نہ ہی تعلیم کے لیے کوئی درس گاہ تھی۔

حضرت علامہ مولانا محمد یوسف بنوری رحمہ اللہ نے مدارس عربیہ کے فارغ التحصیل دس فضلاء سے کام شروع کیا اور ان کے لیے اسلامی علوم میں تکمیل کا درجہ قائم کیا اور اپنے ایک دوست سے قرض لے کر طلبہ کو ماہوار وظیفہ اور اساتذہ کرام کو تنخواہیں تقسیم کیں۔

اس کام کی ابتداء میں حضرت بنوری رحمہ اللہ کو بے شمار مشکلات کا سامنا کرنا پڑا جنہیں آپ نے نہایت صبر و تحمل سے برداشت کیا، جو علماء حق کا ہمیشہ سے شیوہ رہا ہے، چنانچہ اللہ تعالیٰ نے اپنے فضل و کرم اور آپ کے صبر اور اخلاص کی برکت سے ان تمام مشکلات اور رکاوٹوں کو رفتہ رفتہ دور فرما دیا اور آپ کے کام میں برکت ڈال دی۔ آپ نے درس گاہوں اور دار الاقامہ کے لیے ایک ایک دو دو کمرے بنانا شروع کیے، یہاں تک کہ حضرت کے دور ہی میں تین عمارتیں بن گئیں اور کچھ عرصہ بعد درجہ تکمیل کے علاوہ جامعہ میں دوسرے درجات کا آغاز بھی کردیا گیا۔

محدث العصر حضرت مولانا محمد یوسف بنوری رحمہ اللہ بین الاقوامی علمی شخصیت کے حامل تھے، اللہ تعالیٰ نے ان کو بے پناہ صلاحیتوں اور عظیم اخلاص سے نوازا تھا جس کی بدولت دیکھتے ہی دیکھتے آپ کا یہ علمی ادارہ بین الاقوامی جامعہ کی حیثیت اختیار کرگیا، اور اس میں پاکستان کے ہر گوشہ کے علاوہ پاکستان سے باہر تمام براعظموں سے علم دین کے پیاسے علم حاصل کرنے کے لیے آنے لگے، اور یوں اللہ تعالیٰ نے حضرت بنوری رحمہ اللہ کی زندگی ہی میں جامعہ کو علمی اور انتظامی لحاظ سے ایک مثالی ادارہ بنا دیا۔ فلله الحمد على ذلك.