جامعہ کی کئی شاخیں ہیں ،

جن میں حفظ وناظرہ اور درس نظامی کی تعلیم کا انتظام ہے ،تقریباً تمام شاخوں میں طلبہ کی رہائش کے لیے دارالاقامہ بھی موجود ہے ،
 ان شاخوں کی فہرست درج ذیل ہے:

1.  “ مدرسہ تعلیم الاسلام“ سہراب گوٹھ(گلشن عمر)

2. “ مدرسہ عربیہ اسلامیہ“ نزد غازی ٹاؤن ملیر

3. “ مدرسہ رحمانیہ“ بلال کالونی کورنگی

4. “ مدرسہ خلفاء راشدین“ پرانا گولیمار

5. “ مدرسہ عثمانیہ“ بہار کالونی

6. “ مدرسہ حفصہ للبنات“ شاہ فیصل کالونی

7. “ مدرسہ رشیدیہ“ پیر کالونی

8. “ مدرسہ عثمانیہ“ عثمان آباد گلی نمبر ۲

9. “ مدرسہ اصحاب صفہ“ گلبرگ

10. “ مدرسہ ریاض العزیز بلال کالونی

11. “ مدرسہ بدر العلوم“ سرجانی ٹاؤن

12. “ مدرسہ تعلیم الاسلام“ بلال ٹاؤن ۱

13. “ مدرسہ تعلیم القرآن“ ولی محمد گوٹھ

14. “ مدرسہ عربیہ اسلامیہ“ دادا آباد چلیاٹھٹھہ

15. “ مدرسہ تعلیم الاسلام مسلم آباد ان شاخوں کے علاوہ کراچی اور دوسرے شہروں میں بہت سے مدارس جامعہ کی سرپرستی میں کام کررہے ہیں۔